Dünyada terör olayları ve Türkiye’nin bu konudaki politikalarını da eleştiren Pekşen, İŞİD terör örgütünün bölge ve ülke için önemli tehdit olduğunu belirterek, "2007 yılında bir gazeteciyle yaptığım söyleşide, 'Bu dış ve orta doğu politikasıyla Türkiye iç savaşın içerisine girer' dedim. Bu gün terör diyoruz ya ‘İŞİD’ mesela. İnanın öyle bir devlet var şu anda. Orada fiilen bir İŞİD devleti var. Peki, nasıl oluyor, Rusya, İran, Fransa, Çin, Türkiye, Suriye bu devlette savaşıyor. Almanlar, Fransızlar bombalıyor, bombalamayan yok. Dünyanın tüm süper güçleri bombalıyorlar ama halen daha varlar. Orta Doğu dünyanın bundan sonraki ekonomisinin kilididir. Orada savaş hiç bitmez, bitmeyecek de. Suriye’deki o İŞİD devleti, emin olun en büyük tehdidi Türkiye ve Karadeniz içindir. Hazırlıklı olun bu Türkiye’nin tarihindeki en büyük tehdittir” ifadelerini kullandı.
