2008-2009 sezonuna yeni bir yönetimle giren ve takıma önemli transferler yapan Ersun Yanal, yeni bir takım kurdu. Ancak, Yanal söz konusu dönemde takımın başında 29 hafta kalabildi. Takımın başında çıktığı 29 lig maçında bordo-mavili takım 15 galibiyet, 8 beraberlik ve 6 mağlubiyet almıştı. Tecrübeli teknik adam 1.83 ortalama yakalamıştı. Yanal, 29. haftada takımı 53 puan ile 3. sırada bırakmıştı.
2014-15 sezonunda Trabzonspor'un başına ikinci kez gelen Ersun Yanal, teknik direktör Vahid Halilhodzic'in ayrılmasından sonra takımın başına ilk geldiği sezonda olduğu gibi 10. hafta geçti. Takımı 12 puan ile 10 sırada alan Yanal, söz konusu sezonda Karadeniz ekibiyle çıktığı 14 lig maçında 8 galibiyet 4 beraberlik ve 2 yenilgi alarak 28 puan topladı. Ligde 40 puana ulaşan bordo-mavili takım 4. sıraya yerleşirken, Yanal ise 2.00 ortalaması yakalayarak Trabzonspor'daki en iyi dönemini yaşadı.